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Ziel des Masterplan ist es, Maßnahmen in der Emsregion durchzuführen. Die Ems hat eine hohe Bedeutung als Natur-, Wirtschafts- und Lebensraum.
Zur Ausarbeitung des Planes und für die Verhandlungen wurde eine Lenkungsgruppe gebildet. Besetzt ist sie mit Verantwortlichen aus der Stadt Emden, den Landkreisen Emsland und Leer, der Meyer Werft, dem World Wide Fund for Nature Deutschland (WWF), Bund für Umwelt und Naturschutz Niedersachsen e.V. (BUND), dem Naturschutzbund Niedersachsen e.V. (NABU), der Generaldirektion Wasserstraßen und Schifffahrt, der Staatskanzlei sowie dem Umwelt- und dem Wirtschaftsministerium.
Im Rahmen des Masterplanes Ems 2050 hat der NLWKN die Naturschutzstation Ems eingerichtet. Zu ihren Aufgaben gehören insbesondere die Feldforschung und eine aktive Öffentlichkeitsarbeit vor Ort.